Исчезновение Харухи Судзумии

Наступила середина декабря, и глава клуба SOS, Судзумия Харухи, решает, что Рождество будет проведено в комнате клуба с ужином в стиле праздника. Все члены клуба начинают готовиться к этому событию, но неожиданно начинают происходить странные вещи. Кён замечает, что его разговоры с Танигути становятся нелогичными, а сам Танигути внезапно заболевает и не помнит их последней беседы.

В школе начинаются ещё более необъяснимые события. Харухи неожиданно исчезает, а на её месте оказывается Рёко Асакура, которая ведёт себя так, будто ничего не произошло. Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Нагато, которая раньше была членом SOS-бригады, теперь выглядит как обычная девушка, принадлежащая к литературному клубу. Все эти изменения заставляют Кёна задуматься: а существовал ли вообще клуб SOS и его глава, Харухи?

Кён начинает понимать, что мир, в котором он находится, кажется искажённым. Ни бригада SOS, ни Харухи, которая всегда была в центре событий, больше не существуют. Все воспоминания о них исчезли, как будто их никогда не было. Кён оказывается в мире, где его прошлое перестало иметь значение, а будущее стало непредсказуемым. Что же произошло, и как он сможет вернуть всё на свои места?